Đôi khi tế bào vi sinh hoặc sinh khối là sản phẩm theo dự định của lên men. Các ví dụ gồm protein đơn bào, nấm men làm bánh, lactobacillus, E. coli,... Ở trường hợp protein đơn bào, tảo được trồng ở các ao mở và rộng nhằm tạo điều kiện cho quang hợp diễn ra.[11] Nếu sinh khối được dùng để cấy cho phương thức lên men khác, cần phải tiến hành thận trọng để ngăn ngừa đột biến.